Atlas jest niebieskookim rdzeniem z podstawowym wyglądem typowego okrągłego rdzenia, i jest malowany tak, że wygląda bardziej męski w swoim programowaniu od P-Body'ego. GLaDOS utworzyła Inicjatywę Testowania na Współdziałanie, po tym jak Chell wybudziła ją w Portal 2. Razem z P-body'm, muszą przeciwstawić się przeciwko serii testów zbudowanych przez GLaDOS, poprawiając wiele różnych mechanik, poprzednio napotkanych przez Chell z Kampanii jednoosobowej.
Później GLaDOS zdradziła, że Rdzenie Atlasa i P-body'ego są specjalnie zaprogramowane, żeby nie robiły nic więcej oprócz testów.
Podczas ostatnich faz testów, GLaDOS ujawnia, że podczas gdy Inicjatywa Wspólnych Badań ma swoje użycia, potrzebuje ludzkich badań do nauki, nie badań robotów. Ujawnia też, że żyją jeszcze ludzie, zamknięci w starych obiektach Aperture. Tam, roboty podejmują zadanie przejścia przez stare pomieszczenia testowe i odblokowania ogromnej krypty zawierającej ludzi, podtrzymywanych przy życiu przy pomocy komór kriogenicznych i w ten sposób "ratują naukę". However, almost immediately after the robots unlock the room containing the test subjects, they are destroyed. They are eventually rebuilt and, during the credits, Atlas sits at a computer desk and watches P-body playing on a conveyor belt.
